透明になるように表面材質設定をおこなった形状(ガラスのような材質を設定した形状)を複数重ねた状態でレンダリングすると、途中から形状が透明ではなくなってしまいます。
レンダリングオプションの「その他」タブの「視線の追跡レベル」の項目の数値を上げてください。
これは視線の反射や屈折の回数を設定するもので、デフォルトでは「5」に設定されていますが、透明な物体が複数ある場合は、この「視線の追跡レベル」が足りないために、透明な物体が正しくレンダリングされない場合があります。
この数値を上げると、それだけレンダリングにかかる時間は長くなりますので、適切な設定をおこないましょう。